进化树构建工具 Phylogenetic Tree 标准流程 ML 建树（MAFFT + trimAl + IQ-TREE2 + ggtree） 工具中心

1 序列输入

2 标准流程：MAFFT → trimAl → IQ-TREE2 → ggtree 出图

粘贴多条未比对的序列，一键跑完整最大似然树流水线：MAFFT 自动比对 → trimAl 删除空缺/不变列 → IQ-TREE2 自动选最优替换模型并做 1000 次超快自举 → ggtree 服务器端绘制进化树 PNG。全流程在服务端真实运行，结果与文献一致。

构建最大似然树（标准流程）

高级选项（标准流程参数）

比对方式 MAFFT 服务端真实比对（推荐） 修剪 trimAl 自动修剪 -automated1（推荐） 不修剪 进化模型（替换模型） ModelFinder 自动选模（推荐） GTR+F+R（DNA 常用） GTR+F+R+I（DNA 含不变位点） LG+F+R（蛋白 常用） JTT+F+R（蛋白） Blosum62+F+R（蛋白） 超快自举次数（IQ-TREE2 -B，≥1000） 1000（推荐） 2000（更强） 5000（最强，较慢）

3 进化树与结果

比对结果预览（标准流程：MAFFT + trimAl 后）