搭建进程
2026.8.24
第三批板块上线建设
工具中心板块中实验工具类，AI 问答数据库拓展
2026.8.22
科研 + 产业 AI 问答 v1.0 上线
科研与产业两个 AI 问答面板开放使用
2026.7.30
第二批板块上线建设
新增 AI 问答、基因浏览器、Blast、进化树构建、引物设计等工具
2026.7.6
桑树小站上线
第一批板块开放使用：留言板、论文、桑树基因组、桑树基因资源
研究动态
及时发布桑树基因组学、功能基因组学、分子育种等领域的最新研究进展和平台更新公告。
桑树基因组和功能基因
整理桑树基因组学、功能基因组学、分子生物学等相关研究论文，持续更新。
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论文总数
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时间范围
| # | 年份 | 论文标题 | 期刊 | 2025分区 | 来源 | 国家 | DOI |
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基因组
桑树基因组数据库收录已发表的桑树基因组数据，提供基因组结构、基因模型、功能注释等信息浏览和检索服务。
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物种数
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基因组版本
参考基因组
| # | 年份 | 物种名称 | 品种 | 性别 | 组装水平 | 基因组大小 | 基因数 | 染色体 | BUSCO | 测序平台 | 数据库 | 论文标题 | 链接 |
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桑树基因资源
收录桑树功能基因研究数据，包括基因名称、所属家族、功能描述、验证状态等信息。
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基因总数
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基因家族
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已验证
📊 功能分类分布
点击任一模块可多选筛选；再次点击可取消选中
加载分布数据中…
| Gene Name | GeneName (Full) | Superfamily | Functional Category (Primary) | Functional Category (Secondary) | Related Growth & Development | Related Stress Response | Related Metabolite | Related Metabolite Category | Experimental Validation | Functional Description |
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基因组浏览
浏览桑树基因组数据，包括不同品种的基因组组装、基因模型、功能注释等信息。
🌿 基因组版本
查看各版本基因组的详细信息、组装质量和染色体数目
🧪 基因模型
浏览基因结构、编码蛋白、功能域等信息
🏷️ 功能注释
查看基因的GO、KEGG、PFAM等注释结果
🔗 共线性
查看基因组间的共线性关系和结构变异
🧬 数据持续录入中，即将开放浏览功能
品种资源
收集整理不同桑树品种的形态特征、分布区域、基因组数据等信息。
| 品种名称 | 学名 | 分布区域 | 数据类型 | 来源 |
|---|---|---|---|---|
| 数据持续录入中... | ||||
基因搜索
输入基因名、Gene ID、关键词，检索桑树基因组中的目标基因及其功能注释、表达信息。
🔍
输入关键词开始搜索桑树基因
在线分析
提供桑树基因组数据分析工具，包括序列比对、进化树构建、表达分析等。
🔄 序列比对
输入核酸或蛋白序列，与桑树基因组进行BLAST比对
🌳 进化树构建
选择基因家族序列，构建系统进化树
📈 表达分析
分析基因在不同组织、发育阶段或处理条件下的表达模式
🎯 功能富集
对目标基因集进行GO和KEGG功能富集分析
🔍 共表达网络
构建基因共表达网络，挖掘核心调控基因
🧬 基因家族
分析特定基因家族的结构、功能和进化
🛠️ 分析工具开发中，敬请期待
科研AI问答
产业AI问答
工具中心
桑树研究常用生物信息学工具，涵盖基因组浏览、序列比对、结构域注释与基因家族挖掘、引物设计与系统发育分析。
1生物信息学工具
基因组浏览器
JBrowse 2
交互式浏览桑树基因组、基因结构与变异位点。
BLAST 序列比对
SequenceServer
在桑树及近缘物种上做序列相似比对与同源检索。
HMMER 序列比对
HMMER 3 + Pfam-A
基于 profile HMM 的结构域注释与基因家族挖掘。
进化树构建
MAFFT + trimAl + IQ-TREE2 + ggtree
一键跑通最大似然系统发育树构建与出图。
单个蛋白快速建树
shoot.bio
粘贴蛋白序列，秒级生成系统发育树。
蛋白结构比对
FoldSeek 结构搜索
按三维结构搜索同源蛋白，支持 PDB / AlphaFold 结构库比对。
引物设计
PrimerServer2
批量设计 PCR 引物并做特异性检查。
基因表达谱查询
Kallisto · TPM
按基因型 / 组织 / 发育阶段查询基因表达量。
2实验工具
实验室计算器
纯前端 · 摩尔/稀释/缓冲液/连接/Tm
摩尔浓度、稀释、缓冲液、连接与 Tm 计算。
实验方法查询
Bio-Protocol · STAR · Current · Springer · Nature
跨 7 个平台检索可复现的实验方案。
植物表型分析
PlantCV · MCP
植物表型图像分析 MCP 接口，桑树表型高通量获取（RGB 分割 / 形态 / 17 项性状 / 高光谱 / 热成像）。
注：桑树基因组数据来源于本网页对应的基因组列表；其他物种基因组版本/文献如下：
- Arabidopsis thaliana: TAIR12
- Nicotiana tabacum: Gapless and phased genome assembly reveals post-allopolyploidization subgenomic diversification of tobacco centromeres. Chen W, Chen S, Wang J, Meng D, Li J, Guo L. Genome Biology, 2026. doi:10.1186/s13059-026-04163-2
- Nicotiana benthamiana: High-quality assembled and annotated genomes of Nicotiana tabacum and Nicotiana benthamiana reveal chromosome evolution and changes in defense arsenals. Wang J, Zhang Q, Tung J, Zhang X, Liu D, Deng Y, Tian Z, Chen H, Wang T, Yin W, Li B, Lai Z, Dinesh-Kumar SP, Baker B, Li F. Molecular Plant, 2024, 17(3): 423-437. doi:10.1016/j.molp.2024.01.008
资源下载
下载桑树小站相关软件工具和资源文件。
DayDayUp
一款简洁高效的桌面日历工具，支持日程计划、执行和复盘等功能。
研究资源
分享桑树研究相关的实验方案、引物序列、操作规程等资源。
🧪 实验方案
DNA/RNA提取、基因克隆、表达分析等标准操作流程
🎬 引物设计
常用基因的PCR引物、qPCR引物序列
📖 操作规程
仪器操作、数据分析软件使用指南
📁 工具脚本
生物信息分析脚本和 pipelines
📂 资源整理中，即将开放共享
留言板
后台管理
关于数据库
桑树小站 旨在建设桑树基础研究与产业应用的综合数据平台。
本数据库提供桑树基因组数据的浏览、搜索、分析和下载服务，支持桑树功能基因组学、分子育种等研究工作。
平台数据来源于已发表的桑树基因组研究及本实验室的持续更新。我们致力于为桑树科研工作者提供高质量的数据资源和技术支持。
如何使用
请参考 桑树小站用户指南 获取详细使用说明。
🔍 搜索基因
在 Search 页面输入基因名或关键词查询
🧬 浏览基因组
在 Browse 页面查看基因组结构和基因信息
📊 在线分析
在 Analysis 页面使用各种分析工具
⬇️ 下载数据
在 Download 页面获取所需数据文件
如何引用
桑树小站（MRAD）.
桑树小站。
桑树小站。
联系方式
如有问题或建议，请联系：
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🏠 地址: [待补充]
👥 团队: [待补充]