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核心功能
🔍 基因检索
支持基因名、功能关键词、染色体位置等多维度检索
🧬 基因组浏览
可视化展示基因组结构、基因分布、共线性区域
📊 表达分析
组织特异性、时空表达、差异表达分析工具
🔄 比较基因组
桑树与其他物种的基因组比对和进化分析
⬇️ 数据下载
基因组序列、功能注释、表达矩阵等数据下载
📚 研究资源
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研究动态
桑树基因组和功能基因
| # | 年份 | 论文标题 | 期刊 | 2025分区 | 来源 | 国家 | DOI |
|---|
基因组
参考基因组
| # | 年份 | 物种名称 | 品种 | 性别 | 组装水平 | 基因组大小 | 基因数 | 染色体 | BUSCO | 测序平台 | 数据库 | 论文标题 | 链接 |
|---|
基因组特征
🧬 基因组结构
展示染色体水平基因组组装、支架统计、重复序列含量等
🏷️ 基因注释
提供基因结构、编码序列、功能域、GO/KEGG注释等信息
🔗 共线性分析
桑树与其他桑科、锦葵科物种的基因组共线性比对
🌳 进化分析
基因家族收缩/扩张分析、系统发育树构建
基因
资源分类
👨👩👧👦 基因家族
MYB、WRKY、bHLH、NAC等主要转录因子家族的鉴定和功能研究
📊 表达谱数据
不同组织、发育阶段、非生物/生物胁迫条件下的基因表达数据
🛡️ 抗逆相关基因
耐盐、耐旱、耐寒、耐重金属等抗逆相关基因的鉴定与功能研究
🧬 代谢途径
黄酮类、花青素、生物碱等次生代谢途径相关基因
🎨 色素相关基因
叶片色泽、桑果颜色相关的色素合成代谢基因
🌿 发育相关基因
桑叶、桑果、桑甚等器官发育相关的关键调控基因
📂 资源整理中，即将开放浏览功能
基因组浏览
🌿 基因组版本
查看各版本基因组的详细信息、组装质量和染色体数目
🧪 基因模型
浏览基因结构、编码蛋白、功能域等信息
🏷️ 功能注释
查看基因的GO、KEGG、PFAM等注释结果
🔗 共线性
查看基因组间的共线性关系和结构变异
🧬 数据持续录入中，即将开放浏览功能
品种资源
| 品种名称 | 学名 | 分布区域 | 数据类型 | 来源 |
|---|---|---|---|---|
| 数据持续录入中... | ||||
基因搜索
🔍
输入关键词开始搜索桑树基因
在线分析
🔄 序列比对
输入核酸或蛋白序列，与桑树基因组进行BLAST比对
🌳 进化树构建
选择基因家族序列，构建系统进化树
📈 表达分析
分析基因在不同组织、发育阶段或处理条件下的表达模式
🎯 功能富集
对目标基因集进行GO和KEGG功能富集分析
🔍 共表达网络
构建基因共表达网络，挖掘核心调控基因
🧬 基因家族
分析特定基因家族的结构、功能和进化
🛠️ 分析工具开发中，敬请期待
数据下载
| 数据类型 | 版本 | 文件大小 | 格式 | 下载 |
|---|---|---|---|---|
| 基因组序列 | v1.0 | -- | FASTA | |
| 基因注释 | v1.0 | -- | GFF3 | |
| 蛋白序列 | v1.0 | -- | FASTA | |
| 表达矩阵 | v1.0 | -- | TSV |
研究资源
🧪 实验方案
DNA/RNA提取、基因克隆、表达分析等标准操作流程
🎬 引物设计
常用基因的PCR引物、qPCR引物序列
📖 操作规程
仪器操作、数据分析软件使用指南
📁 工具脚本
生物信息分析脚本和 pipelines
📂 资源整理中，即将开放共享
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关于数据库
本数据库提供桑树基因组数据的浏览、搜索、分析和下载服务，支持桑树功能基因组学、分子育种等研究工作。
平台数据来源于已发表的桑树基因组研究及本实验室的持续更新。我们致力于为桑树科研工作者提供高质量的数据资源和技术支持。
如何使用
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